La G6PD humaine est une protéine de 514 acides aminés et a une masse moléculaire de 59 kDa. La forme active résulte d'un équilibre entre dimères et tétramères. La figure montre l'interaction d'un dimère AB avec un dimère CD. Un variant de la G6PD humaine, la G6PD Canton où le résidu d'arginine en 459 est remplacé par une leucine a pu être cristallisée et étudiée par diffraction de rayons X. | Région I | résidus 34-53 | Exons 2 et 3 | site de liaison du coenzyme |
| Région II | 137-148 | Exon 5 | core hydrophobe de la protéine |
| Région III | 166-180 | Exon 6 | zone conservée faisant face au centre actif |
| Région IV | 193-218 | Exon 6 | site catalytique |
| Région V | 240-274 | Exon 7-8 | zone conservée faisant face au centre actif |
| Région VI | 284-292 | Exon 9 | hélices alpha amphipatiques |
| Région VII | 333-339 | Exon 9 | core hydrophobe de la protéine |
| Région VIII | 347-362 | Exon 9-10 | core hydrophobe de la protéine |
| Région IX | 365-376 | Exon 10 | core hydrophobe de la protéine |
| Région X | 388-404 | Exon10 | contact entre sous-unités |
| Région XI | 433-443 | Exon 11 | core hydrophobe de la protéine |
| Région XII | 451-464 | Exon 12 | hélices alpha amphipatiques |
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